Uno de los principales objetivos de las reformas emprendidas por los Borbones fue la reorganización política de sus territorios coloniales, las también llamadas Reformas Borbónicas. Este cambio era importante porque permitiría un mejor conocimiento de los dominios transatlánticos y, en consecuencia, una mejor administración promovida por personas ilustradas cercanas a los reyes de España. Durante el reinado de Carlos III estas medidas se implantaron en el territorio novohispano y el encargado de aplicarlas fue José de Gálvez.
A partir de las reformas Nueva España sufrió un importante cambio territorial. En 1786 se establecieron las 12 intendencias en que se dividió el virreinato: Durango, Guadalajara, Guanajuato, México, Oaxaca, Puebla, San Luis Potosí, Sonora, Michoacán, Veracruz, Yucatán y Zacatecas.
Con la creación de la intendencia y la implementación de las reformas políticas en su conjunto, se dispuso de un grupo de colaboradores del monarca que redujeron las tareas del virrey. Por ejemplo, los 12 intendentes, jefes políticos de las intendencias, se harían cargo de los aspectos políticos, administrativos y económicos en sus jurisdicciones.
En principio, los virreyes claramente se opusieron a esta iniciativa por su significativa disminución de poderes y debilitamiento de su imagen de autoridad, ya que ellos representaban al rey en las colonias. No obstante, el virrey continuó como la autoridad política más importante en el virreinato, por lo que con el tiempo apoyó finalmente la creación de las intendencias. Además, en la práctica no llegó a consolidarse la autoridad de todos los intendentes ni las delimitaciones territoriales de las intendencias.
Entre las reformas económicas una de gran trascendencia transformó el régimen comercial entre España y sus colonias. Las autoridades pusieron fin al monopolio comercial de Sevilla y Cádiz, únicos puertos autorizados hasta entonces para comerciar con las colonias. Así, con las reformas se abrieron nuevos centros de salida y recepción de mercancías entre España y las colonias en América.
Con la Real cédula de 1774 se levantó la prohibición que impedía el comercio entre Nueva España y los virreinatos de Nueva Granada y Perú. En 1789 Nueva España recibió autorización para comerciar con varios puertos españoles y con los diferentes puertos de otras colonias.
En términos generales el verdadero beneficio de estas medidas para Nueva España fue un cierto clima de libertad, producto de un auge económico. Esto provocó que navíos extranjeros introdujeran abundantes mercaderías por el puerto de Veracruz, lo cual impulsó la modernización de esta ciudad.
