Nació en Oaxaca en el año de 1873, sus padres, de origen indígena le dieron una educación liberal, a pesar de que su padre luchó junto a Benito Juárez y Porfirio Díaz en 1867. A los 8 años se mudó junto con su familia a la Ciudad de México.
Estudió la carrera de derecho, pero no terminó sus estudios, en 1892 fue detenido junto a su hermano Jesús durante una protesta estudiantil contra la dictadura de Porfirio Díaz. Años después, en 1900, junto con su hermano Jesús, fundó el periódico Regeneración, generando fuertes críticas contra el porfiriato y promoviendo la organización social. En 1902, esta vez con su hermano Enrique, crea el periódico satírico en contra de Díaz, El hijo del Ahuizote en el que colaboraba con algunas ilustraciones José Guadalupe Posada. Esto fue motivo suficiente para que el gobierno comenzará a hostigarlo al punto que Ricardo tuvo que exiliarse en 1904 a Estados Unidos.
En 1910, al comenzar la revolución mexicana y el fin de gobierno de Porfirio Díaz, Ricardo y Enrique Flores Magón tomaron las ciudades de Mexicali y Tijuana para intentar fundar una república socialista, sin embargo, no pudieron concluir con sus propósitos. Los hermanos Flores Magón, influenciados por el anarquismo estaban convencidos de que la opresión a la clase obrera ejercida por el gobierno era la culpable de cualquier carencia social, por lo tanto no formaron ninguna colaboración ni alianza con Francisco Madero.
Para el año de 1918, Ricardo Flores Magón escribió un manifiesto dirigido a los anarquistas de todo el mundo, esto le valió la condena de 20 años en prisión en Estados Unidos. Después de cuatro años de torturas en prisión, Flores Magón con 37 años, murió gravemente enfermo y casi ciego el 20 de noviembre de 1922, en una penitenciaría de Estados Unidos. Hasta el día de hoy las condiciones de su muerte no han sido esclarecidas; oficialmente se dice que fue de una afección cardiaca, Librado Herrera, un amigo de Magón, sostiene que fue ahorcado. Otro posible escenario es que el anarquista fue asesinado a golpes por los guardias de la prisión.
